FC Lembeke werd opgericht in 1929, aanvankelijk nog als VK Tijl en in het Vlaamse geel-zwart. Na de 2de wereldoorlog werd gekozen voor blauw-wit als kleuren van de club, ditmaal definitief. Na enkele jaren in het Katholiek Vlaams Sportverbond sloot de club zich eind de jaren ’60 aan bij de Koninklijke Belgische Voetbalbond (KBVB). Het stamnummer van de club is 7037.
 
In 1973 speelde het eerste elftal kampioen en promoveerde voor de eerste maal naar 3de provinciale om evenwel het daaropvolgende seizoen opnieuw te degraderen. In het begin van de jaren ’70 werd ook een jeugdwerking opgestart. Deze had meteen veel succes. 
In de succesjaren 1990 en 1991 promoveerde het eerste elftal in 2 opeenvolgende seizoenen van 4de naar 2de provinciale. De jaren nadien pendelde de club verschillende malen tussen 2de en 3de provinciale. Sedert enkele jaren treedt de club nu standvastig aan in 2de provinciale. Aan de top spelen in 2de provinciale is momenteel de sportieve ambitie van de club. 

Door de jaren heen is de club enorm gegroeid, voornamelijk door een doorgedreven en kwaliteitsvolle jeugdwerking, waarop sterk wordt ingezet. FC Lembeke beschikt over het 2-sterren-label van de KBVB, waardoor de jeugdploegen niet alleen spelen in de gewestelijke, maar ook in de provinciale jeugdreeksen. Onder meer hierdoor verwierf de club ook een grote aantrekkingskracht naar de ruime streek rond de eigen gemeente. 

In 2019 vierde de club zijn 90-jarig bestaan. Naar aanleiding van die verjaardag werd de rijke geschiedenis vastgelegd in beeld. U kan de video hieronder bekijken.